A Igreja da Conceição Velha resultou da reconstrução pombalina, após o terramoto de 1755, que destruíu a antiga Igreja de Nossa Senhora da Misericórdia de Lisboa, uma imponente Igreja construída em 1534, três vezes maior que a actual. Sobreviveu o pórtico do séc. XVI que era uma entrada lateral da igreja original, de estilo manuelino, mas já com uma abordagem renascentista.
No tímpano, em baixo-relevo, vemos a Nossa Senhora da Misericórdia ou Virgem do Manto a proteger os três estádios da sociedade (clero do lado esquerdo e a nobreza do lado direito). A figura do mainel representa a Justiça.
O altar-mor representa a Nossa Senhora da Conceição, padroeira de Portugal, em madeira policromada, com características rocaille, da autoria do escultor José de Almeida. Na parte central do tecto abobadado, em estuque em tons de azul, dourado e ocre, da autoria de Félix da Rocha, está pintado o Triunfo de Nossa senhora da Conceição – um anjo com lança matando um dragão sobre um globo. A Virgem está situada sobre um crescente lunar, coroada por estrelas, sendo abençoada por Deus.
O emblema da Ordem de Cristo, que se encontra sobre o arco triunfal da capela-mor, é esculpido em pedra, mas dourado, o que leva a pensar ser executado em madeira. As esculturas que ladeiam o arco, São Pedro e São Paulo, são feitas em madeira embora com uma pintura a imitar pedra. A actual capela-mor era a capela lateral do Santíssimo Sacramento, mandada edificar por Dona Simoa Godinho, uma negra de S. Tomé e Príncipe, casada com Luís de Almeida e grande benfeitora da Misericórdia.
Nesta Igreja encontra-se a imagem original do séc. XV de Nossa Senhora de Belém ou do Restelo, encomendada pelo Infante D. Henrique para a Ermida da Ordem dos Freires de Cristo, frente à qual rezavam os navegadores antes de embarcarem rumo ao desconhecido. A 8 de Julho de 1497, Vasco da gama rezou antes de embarcar para a viagem da descoberta marítima para a Índia e, 3 anos mais tarde, Pedro Álvares Cabral antes da viagem que o levou ao Brasil.
A adoração da imagem da Senhora da Atalaia data dos primeiros anos de quinhentos, quando houve um grande surto de peste negra em Lisboa, tendo uma Irmandade comprometido-se em 1507 a fazer anualmente uma procissão fluvial pelo rio Tejo. Mais de 500 anos depois, essa procissão ainda hoje se realiza.
Nos altares laterais podem ser observadas pinturas de Nossa Senhora da Piedade e São Miguel Arcanjo, ambas de Bruno José do Vale, a Última Ceia, de Joaquim Manuel da Rocha ou a Nossa Senhora da Pureza, de Joana do Salitre, uma das poucas pintoras do séc. XVIII.
