L’Igreja da Conceição Velha est le résultat de la reconstruction pombaline après le tremblement de terre de 1755, qui a détruit l’ancienne Igreja de Notre-Dame de la Miséricorde de Lisbonne, une église imposante construite en 1534, trois fois plus grande que l’église actuelle. Le portique du XVIe siècle, qui était une entrée latérale de l’église originale de style manuélin mais avec une approche Renaissance, a survécu.
Sur le tympan, en bas-relief, on voit Notre-Dame de la Miséricorde ou Vierge du Manteau protégeant les trois étages de la société (le clergé à gauche et la noblesse à droite). Le personnage sur le mainle représente la Justice.
L’autel principal représente Notre-Dame de la Conception, la patronne du Portugal, en bois polychrome et rocaille, par le sculpteur José de Almeida. Au centre du plafond voûté, en stuc dans les tons bleu, or et ocre, de Félix da Rocha, se trouve le Triomphe de Notre-Dame de la Conception – un ange avec une lance terrassant un dragon sur un globe. La Vierge est debout sur un croissant lunaire, couronné d’étoiles, et est bénie par Dieu.
L’emblème de l’Ordre du Christ, qui se trouve sur l’arc triomphal du chœur, est sculpté dans la pierre mais doré, ce qui suggère qu’il est en bois. Les sculptures qui flanquent l’arc, saint Pierre et saint Paul, sont en bois, bien qu’elles soient peintes pour imiter la pierre. Le chœur actuel était la chapelle latérale du Saint-Sacrement, construite par Dona Simoa Godinho, une femme noire de São Tomé et Príncipe, mariée à Luís de Almeida et grande bienfaitrice de la Misericórdia.
Cette église abrite l’image originale du XVe siècle de Notre-Dame de Belém ou Restelo, commandée par le prince Henri le Navigateur pour l’Ermitage de l’Ordre des Frères du Christ, devant laquelle les navigateurs priaient avant de partir vers l’inconnu. Le 8 juillet 1497, Vasco de Gama pria avant d’entreprendre le voyage de découverte maritime vers l’Inde et, trois ans plus tard, Pedro Álvares Cabral avant le voyage qui le conduisit au Brésil.
La vénération de l’image de Senhora da Atalaia remonte au début des années 1500, lorsqu’une épidémie de peste noire s’est déclarée à Lisbonne. En 1507, une confrérie a entrepris d’organiser une procession fluviale annuelle le long du Tage. Plus de 500 ans plus tard, cette procession a toujours lieu aujourd’hui.
Sur les autels latéraux, on peut voir des peintures de Notre-Dame de la Miséricorde et de Saint-Michel Archange, toutes deux réalisées par Bruno José do Vale, la Cène par Joaquim Manuel da Rocha ou Notre-Dame de la Pureté par Joana do Salitre, l’une des rares femmes peintres du XVIIIe siècle.